Matrix控制系统是一种全数字控制系统，集成了多处理器技术。

为了向用户提供优质的信号质量、测量速度和实验灵活性，Matrix控制系统的设计理念和架构融合了优越的高速、低噪声的数字电子技术，并与新的SPM应用结合起来。可扩展性是Matrix控制系统应付未来扫描探针显微技术挑战的关键因素。

Matrix控制系统采用功能模块化设计理念，不同的任务集成在单独的数字化电路板上从而满足高性能SPM的要求。通过向控制器内部预留插槽添加电路板的 方式，可以轻松升级或附加额外功能（如原子力显微镜）。每个单独的电路板采用相同的数字核心，这包括中央处理单元（CPU），数字信号处理器（DSP）， 现场可编程门阵列（FPGA）和逻辑运算。